UEFA Kupası'nda grup kuraları İsviçre'de çekildi. Beşiktaşımız, B Grubu'nda Bayer Leverkusen, Club Brugge, Dinamo Bükreş ve Tottenham ile eşleşti.

İsviçre'nin Nyon kentinde yapılan kura çekimine 40 takım katılırken, bu ekipler 5'erli 8 grupta toplandı. 3. torbadan kuraya katılan Beşiktaşımız, B Grubu'na düştü. Grubumuzda 1. torbadan Bayer Leverkusen (Almanya), 2. torbadan Club Brugge (Belçika), 4. torbadan Dinamo Bükreş (Romanya) ve 5. torbadan gelen Tottenham (İngiltere) ekipleri yer alıyor.
Grupta ilk karşılaşmalar 19 Ekim 2006'da oynanacak. 2. maçlar 2 Kasım, 3. maçlar 23 Kasım, 4. maçlar 29-30 Kasım ve son karşılaşmalar da 13-14 Aralık tarihlerinde oynanacak.
Grupta takımlar, 2’si iç sahada, 2’si deplasmanda olmak üzere toplam 4 karşılaşma yaparken, 1 haftayı maç oynamadan geçerek grup maçlarını bitirecek. Gruplarını ilk üç içerisinde tamamlayan 24 takım bir üst tura yükselecek. 24 takıma Şampiyonlar Ligi’nde gruplarını üçüncü bitiren 8 takımın katılması ile oluşacak 32’li eleme ve kupanın bir sonraki basamağı 16’lı elemenin ardından finaller başlayacak. Çeyrek final ve yarı finalin sonrasında finale yükselen iki takım 16 Mayıs 2007 tarihinde İskoçya’nın Glasgow kentinde kupa için kapışacak.