UEFA’nın düzenlediği Avrupa Şampiyon Kulüpler Kupası’na katılacak takımı belirlemek için Türkiye Futbol Federasyonu, profesyonel takımlar arasında “Federasyon Kupası” adı altında bir organizasyon düzenledi. Türkiye Kupası ve Türkiye Ligi statülerine benzer bir yapıda hazırlanan organizasyonu kazanan o yıl ülke şampiyonu olup, Türkiye’yi Avrupa’nın en büyük kupasında temsil etme hakkını kazanacaktı. Bu organizasyonun birincisi 1956-57 yıllarında yapıldı. Önce İstanbul, Ankara ve İzmir bölgelerinde eleme usulü maçlar oynandı. Beşiktaş, 10 maçta 17 puan toplayarak şampiyon oldu ve Türkiye’yi Şampiyon Kulüpler Kupası’nda temsil etti.

1957-58’de bölge elemelerinden sonra iki grup halinde yapılan maçlarda Beşiktaş, Kırmızı Grubu lider bitirdi. Finalde, Beyaz Grup lideri Galatasaray’ı iki maçta da 1-0 yenerek şampiyon oldu. Bu organizasyon, 1962-63’te profesyonel ligde final grubuna kalamayanlar arasında küme düşüp düşmemeyi belirlemek amacıyla son kez düzenlendi. Dolayısıyla Beşiktaş, bu kupayı gerçek anlamda iki kez kazanmış ve iki kez Türkiye’yi Şampiyon Kulüpler Kupası’nda temsil etme hakkını elde etmiştir.

1958’de Federasyon’un Beşiktaş’ın ismini UEFA’ya geç bildirmesi sonucunda Siyah-Beyazlılar ilk yıl bu hakkı kullanamamıştır. Futbol Federasyonu, iki sezon önce başlattığı “forma üzerine şampiyonluk sayısına göre yıldız” kuralında bir değişiklik yapma gereğini duydu. Beşiktaş, Türkiye’yi 1957-58 ve 1958-59’da Avrupa’da temsil etme hakkını kazandığı için 1 yıldız daha aldı. Beşiktaş’ın profesyonel dönemde kazandığı şampiyonluk sayısı böylece 13’e çıkmış oldu.

Tahkim Kurulu, 1956-57 ve 1957-58 yıllarındaki şampiyonlukları da lig şampiyonluğuna ekledi. Serdar Bilgili başkanlığındaki Beşiktaş Yönetimi’nin ısrarlı çabası sonunda, bu iki şampiyonluk, Beşiktaşımızın şampiyonluk sayısına eklendi.