Beşiktaş Jimnastik Kulübü’nde Bedensel Engelliler Şubesi’nin açılması çalışmaları 1997 yılında Onursal Başkanımız Süleyman Seba’nın teşvikiyle başladı. 1998 yılında Erdem Göksel’in yönetiminde Beşiktaş Engelliler Spor Kulübü adıyla, dernek statüsünde faaliyete geçti. 1 Ağustos 2003 tarihinde BJK Yönetim Kurulu kararıyla BJK Bedensel Engelliler Spor Şubesi oldu.
Engelli Sporcularımız ile idarecilerin şu anda kullandıkları Fulya Şan Ökten Tesisleri bitişiğindeki binanın açılışı, 12.10.1999 tarihinde gerçekleştirildi. Dilek Sabancı’nın Beşiktaş Belediyesi’ne hibe ettiği özel asansörlü 2 otobüs ile ulaşım sorunu çözüldü.
Engelli Şubemiz, Avrupa’daki örneklerin incelenmesi sonrasında elde edilen bilgileri uygulayarak, Avrupa standardını yakalamayı başardı. Tekerlekli Sandalye Basketbol Takımımız, ilk yıllarda önemli başarılar elde ederek, kamuoyunun dikkatini çekti. 2. ligde mücadeleye başlayan Takımımız, 1. lige yükselmekte zorlanmadı. Kısa sürede Türkiye’nin en güçlü takımlarından olmayı başaran Tekerlekli Sandalye Basketbol Takımımız, Milli Takım’a yaptığı katkı ile de tüm rakiplerine örnek oldu.
2004-2005 sezonuna Şampiyonluk parolasıyla giren ve kadrosunu güçlendiren Beşiktaş, normal sezonu 1. sırada tamamladı. Play-off yarı finalinde Adana Engelliler Spor Kulübü'nü eleyerek finale yükselen Beşiktaş, final serisinde İzmir Büyükşehir Belediyesi'ni 3-1 üstünlük kurdu ve tarihinde ilk kez Türkiye Şampiyonluğu'na ulaştı.
2005-2006 sezonunda final serisinde İzmir Büyükşehir Belediyesi'ni eleyen Siyah-Beyazlılarımız üst üste ikinci kez Şampiyon oldu.
Siyah Beyazlılarımız, 2006-2007 sezonunda yine final serisinde mücadele etti, ancak Galatasaray'a kaybederek ligi ikinci sırada tamamladı. Tekerlekli Sandalye Basketbol Takımımız, 2007-2008 sezonunda Lig Üçüncüsü oldu. 2008-2009 sezonunda Tekerlekli Sandalye Basketbol Takımımız, Andre Vergauwen Kupası'nda yarı finalde elendi. İtalyan Sassari ile üçüncülük için mücadele eden Siyah-Beyazlılarımız, rakibini 82-64 mağlup ederek Avrupa Üçüncülüğünü kazandı. Takımımız, ligi ise Galatasaray'ın ardından ikinci sırada bitirdi.
2009-2010 sezonunda Tekerlekli Sandalye Basketbol Takımımız, 22-26 Nisan 2010 tarihinde İspanya'nın Badajoz şehrinde düzenlenen Andre Vergauwen Kupası Finalleri'nde 23 takımı geride bırakarak Avrupa İkincisi oldu. Takımımız, ligi ise 4. sırada bitirdi.
2010-2011 sezonunda siyah-beyazlılarımız, 22-24 Nisan 2011 tarihleri arasında İstanbul'da düzenlenen Andre Wergauwen Kupası'nda finalde Alman rakibi Köln 99ers'i mağlup ederek Avrupa Şampiyonu oldu. 2010 yılında üçüncüsü düzenlenen Rotary Karadeniz Ülkeleri Organizasyonu’nda şampiyon Beşiktaş oldu.
Engelliler Şubemiz basketbol dışında, Atıcılık ve Bilek Güreşi branşlarında da müsabaka yapmaktadır.